Čini se da je ipak davno odlučio gdje želi nastaviti svoju karijeru i prema svemu sudeći to je Bayern. Sam napadač je priznao jednom prilikom da mu je želja da karijeru nastavi u Bayernu i da će biti strpljiv čekajući ponudu prvaka Njemačke.
Njemački mediji pišu da je Werner već neko vrijeme u kontaktu sa Hasanom Salihamidžićem, te da je dogovorio sve uslove ugovora u Bayernu. Werner se nije dugo mislio kada ga je nazvao sportski direktor Bayerna, te je sada ostalo da se klubovi dogovore oko visine obeštećenja.
Navodno, ovaj 22-godišnjak je poručio čelnicima Bayerna da bi volio preći u ovaj tim na kraju ove sezone, ali da nema ništa protiv ni da se to desi na ljeto 2020. godine, ali da prije toga potpišu ugovor. U dosadašnjem dijelu Bundeslige Werner je postigao 11 golova na 21 utakmici, te je dodao još dvije asistencije.
